Desde pequeno era muito piedoso e desejou tornar-se monge, sua família porém o enviou à corte do imperador Carlos V. Ali se destacaria acompanhando o imperador em suas campanhas e casando-se com uma nobre portuguesa: Eleonor de Castro Melo e Menezes, com a qual teve oito filhos: Carlos, Isabel, João, Álvaro, Fernando, Afonso, Joana e Dorotéia.
Nobre e considerado "grande de Espanha", em 1539 escoltou o corpo da imperatriz Isabel de Portugal à sua tumba em Granada. Se diz que, quando viu o efeito da morte sobre o corpo daquela que tinha sido uma bela imperatriz decidiu "nunca mais servir a um senhor que me possa morrer". Ainda jovem foi nomeado vice-rei da Catalunha, província que administrou com grande eficiência. Quando seu pai morreu, recebeu por herança o título de Duque de Gandía, então se retirou para a sua terra natal e aí levaria, com sua família, uma vida entregada puramente à religião. Em 1546 sua esposa Eleanor morreu e Francisco decidiu entrar na recentemente fundada Companhia de Jesus. Ajustou as contas com os seus assuntos mundanos, renunciou aos seus títulos em favor de seu primogênito, Carlos e, imediatamente, se lhe foi oferecido o título de cardeal. Recusou, preferindo a vida de um pregador itinerante. Seus amigos conseguiram convencê-lo a aceitar o título para aquilo que a natureza e as circunstâncias o haviam predestinado: em 1554, converteu-se no Comissário Geral dos Jesuítas na Espanha, e em 1565, em Superior Geral de toda a Ordem A Congregação Geral II de Jesuítas se curvou evidentemente na eleição pelo enorme prestígio do outrora Duque de Gandia Por sete anos governou a Companhia de Jesus. Neles coube-lhe a grave responsabilidade de formar a primeira geração de religiosos que não conheceu o fundador, tarefa desempenhada com exímia fidelidade. Sob seu generalato, a Ordem adquiriu estabilidade, abriu numerosos colégios e consolidou-se nas missões. Em tão curto período, 66 jesuítas foram martirizados, entre os quais Inácio de Azevedo e seus 39 companheiros.. O eleito revisou as regras da Ordem e, por influência das práticas de certos jesuítas espanhóis, aumentou o tempo dedicado à oração. Se preocupou para que cada Província tivesse seu noviciado: pessoalmente fundou o Noviciado de Sant'Andrea al Quirinale, no qual se formaram S. Estanislau Kostka, o pregador polonês Piotr Skarga e o futuro Padre Geral Claudio Aquaviva.
Uma das tarefas mais delicadas deste governo foi negociar com S. Pio V, o qual desejava reintroduzir a função litúrgica cantada na Companhia. De fato, esta medida começou em maio de 1569, mas somente nas casas professas e sem interferir em outras tarefas. É por isso que todos os jesuítas deveriam exercer três votos solenes até que o Papa Gregório XIII restaurou a prática original tal como estava nas Constituições escritas por Santo Inácio.
Os Colégios prosperaram: de 50 em 1556 passaram a 163 em 1574. Borja promulgou a primeira Ratio Studiorum em 1569. Para seu governo apoiou visitantes. Iniciou-se a remodelação da Igreja de Jesus, em Roma. O Geral seguiu de muito perto a evolução da Contrarreforma na Alemanha. Muitas fundações jesuítas serviram para reforçar a causa católica.
Deu grande impulso às missões. Uma expedição missionária enviada por ele ao Brasil foi exterminada pelos protestantes em alto-mar (Inácio de Azevedo e seus companheiros mártires, em 5 de junho de 1570).
Borja recebeu missões especiais de Sua Santidade, assim como com Laínez. De viagem a Portugal e Espanha -apesar de acusações-, foi muito receptivo. Tomou conta de negócios da Companhia e delicados cargos diplomáticos nas cortes. A volta à Roma foi difícil; chegou à Cidade Eterna em situação ruim, mas feliz por ter obedecido até o fim. Morreu São Francisco de Borja, ocorrido em Roma, na madrugada de 1º de outubro de 1572, foi uma partida cheia de alegria para a Pátria Eterna, própria de quem deu tudo por Deus.
Viva Cristo Rei e Maria Rainha.
Rezem todos os dias o Santo Rosário